Що таке кукіси?

В першу чергу, не варто плутати кукіси з історією і кешом.
Що таке кукіси куки cookies ?
Це текстові файли, які зберігаються на Вашому комп'ютері в прихованій папці браузера. У cookies містяться дані, які Ви вводили на всіх сайтах. Зазвичай це логіни і паролі. Так само в них присутні різні настройки для сайтів (теми, віджети, збереження, минулі пошукові запити і т.п.). Так само їх часом використовують для збору статистики всякого роду тулбари зразок Яндекс бару.
Наприклад, Ви входите в соціальну мережу Вконтакте і відразу потрапляєте на сторінку з новинами (це раніше при вході потрапляли на свою сторінку) навіть не вводячи свій Логін і Пароль. А зробили це тому, що в браузері коли то натиснули на спливаючу кнопку вгорі зберегти.
Так само подібне буває при заході на інші сайти, наприклад пошту або торрент-трекер.
Резонне питання - а звідки сайт знає Ваш пароль і логін (а так само настройки) для входу? Та тому що вони лежать у Вас в комп'ютері і, при заході на сайт, сайт відправляє запит Вашому браузеру про відомості в кукис і браузер дає їх сайту. Ось така взаємодія непомітне, а в підсумку Ви навіть нічого не вводячи потрапляєте на сайт авторизованим користувачем.
На деяких сайтах є така, деяким непомітна, галочка з написом "Чужий комп'ютер" або "Чи не для цього комп'ютера" або ще щось в цьому роді. Так ось вона то якраз і потрібна для кукисов. Якщо Ви виберете цю галочку, введете пароль і логін, і зайдете на сайт - кукіси НЕ будуть збережуться.
З одного боку дуже зручно - не потрібно щоразу вводити паролі і запам'ятовувати їх для сайтів. До речі, кукіси не завжди працюють правильно. Точніше вони як би "прив'язуються" до браузеру. І якщо Ви користуєтеся брузером, наприклад, Firefox для одного сайту в якості одного користувача, то зайшовши на той же сайт через Opera у Вас вже не буде збережень призначених для користувача даних.
Це зазвичай використовують, коли комп'ютером користуються кілька людей і заходять на один і той же сайт. В цьому випадку Вам так само не потрібно щоразу вводити свої дані, тому що для кожного браузера свої cookie.
Ще cookie називають сесіями. Сесія - це відвідування сайту. В принципі те ж саме що і кукіси. Зазвичай сайти самі призначають скільки часу триватиме сесія.
Так ось, для того, щоб очистити кукіси на сайті, досить просто натиснути на кнопку вийти (Вихід) на сайті.
Однак після цього часом в полях логіна і пароля все одно залишаються Ваші дані, але це вже витівки браузера, який допомагає зберегти їх через себе, а не кукіси.
Буває антивірус лається на них, але це відбувається від того, що всякі шкідливі сайти намагаються "впихнути" в кукіси всяку рекламу або віруси.
Тому наявність антивіруса і фаєрвола при серфінгу в інтернеті обов'язково.
Тепер трохи про збереження Ваших даних.
Так, в кукис зберігаються Ваші паролі і логіни для авторизації на сайтах, і часто саме ці дані є об'єктом розкрадання всіх куків. Для отримання кукисов використовуються віруси, шкідливі програми, які Ви можете встановити у себе на комп'ютері, або вони самі непомітно для Вас встановляться, коли Ви відвідаєте шкідливий сайт.
Але тут є інша сторона медалі - інформація в кукис зберігається в зашифрованому вигляді. І якщо у Вас дійсно складний пароль, то його дуже складно (практично неможливо) розшифрувати.
Де знаходяться файли кукис cookies на комп'ютері ?
Як я вже писав вище, вони знаходяться в папці браузера, яка є прихованою.
Google Chrom у мене його немає, тестував на SPWare Iron

Windows XP C: \ Documents and Settings \ Ваш_профіль \ Application Data \ Chromium \
Windows 7 C: \ Users \ Ваш_профіль \ AppData \ Local \ Chromium \ User Data \ Default \ Cache \

Opera

Windows XP C: \ Documents and Settings \ Ваш_профіль \ Application Data \ Opera \
Windows 7 C: \ Users \ Ваш_профіль \ AppData \ Local \ Opera \ Opera \ cache \

Firefox

Windows XP C: \ Documents and Settings \ Ваш_профіль \ Application Data \ Mozilla \ Firefox \ Profiles \\
Windows 7 C: \ Users \ Ваш_профіль \ AppData \ Roaming \ Mozilla \ Firefox \ Profiles \\

Internet Explorer

Windows XP C: \ Documents and Settings \ Cookies \\
Windows 7 C: \ Users \ Ваш_профіль \ AppData \ Roaming \ Microsoft \ Windows \ Cookies \\

Загалом зміст зрозумілий - в папках Application Data для Windows XP і Roaming і Local для Windows 7
Де знаходяться і як видалити файли кукис cookies в браузері ?
Набагато цікавіше варіант.
Де знаходяться і як видалити файли кукис cookies в Mozilla Firefox
Налаштування -> Налаштування

Вибираємо посилання яку виділив на скрині. З'явиться віконце з вибором Ваших дій.

Де знаходяться і як видалити файли кукис cookies в Опері (Opera)
Налаштування -> Загальні налаштування (або поєднання клавіш ctrl + f12)

Вкладка Розширені, в ній внизу зліва вкладка Cookies. У ній і налаштовуєте що хочете робити з ними. При натисканні на кнопку Управління cookies ... з'явиться віконце з усіма куками

Де знаходяться і як видалити файли кукис cookies в Google Chrome
Вибираємо іконку гайкового ключа в правому верхньому куті

Вибираємо з меню - налаштування або параметри

Потім (зліва) "Розширені" і далі "Налаштування вмісту" там вибираємо "Все файли cookie та дані із сайтів ..." і робимо що хочемо.

А взагалі краще прямо в адресний рядок ввести:

chrome: // settings / content

з'явиться ось таке вікно (у мене в Iron)


Де знаходяться і як видалити файли кукис cookies в Internet Explorer
Вибираємо Сервіс (справа вгорі) -> Властивості оглядача -> Загальні
і в розділі "Історія" клацаємо "Видалити" і вибираємо, що видалити.
Варто відзначити, в даному браузері вибіркове чищення окремих cookies не підтримує і подивитися куки можна (у всякому разі, в 7-й і 8-й версіях точно).

У Mozilla Firefox, Google Chrome і Internet Explorer викликати меню для видалення cookie можна сполучення клавіш Shift+Ctrl+Del.

Як почистити або видалити cookies кукіси за допомогою програми
Я для цих цілей використовую програму CCleaner, що і Вам раджу.

До речі, за допомогою даної програми можна не тільки очистити кукіси, але і багато іншого, наприклад реєстр.
Брати чи не брати cookies - вирішувати Вам. Є свої плюси і мінуси.
Ну і наостанок, стаття у Вікіпедії про cookies.